Ačkoli první oficiální zmínka o Nenačovicích pochází z 12. století, jejich historie bude pravděpodobně ještě starší, o čemž svědčí původní název Ninačovice, odvozený ze staročeského jména Ninonja, hojně používaného již ve století devátém.
Je potvrzeno, že roku 1239, patřily Nenačovice (spolu s dnes již zaniklými vesnicemi Holonohy a Uněbuzy) mezi statky Kladrubského kláštera. Roku 1357 je koupil pražský měšťan Jordan Rechcer, avšak již roku 1366 byly Nenačovice (spolu s Drahelčicemi, Holonohy a Uněbuzy) darovány císařem Karlem IV nově založené univerzitní koleji (jakým způsobem získal císař obec do svého vlastnictví není známo).
Další zmínka o Nenačovicích spadá do období 1474 až 1534, kdy byly na jejím území provozovány hutě na železnou rudu (zhruba v tomto období se ve vedlejší obci Malé Přílepy těžilo uhlí). V průběhu dalších staletí se majitelé obce stále střídali, postupně patřili např. ke kapitule sv. Víta či k Tachlovickému panství. V dobách 30 leté války byly údajně vypáleny obce Holonohy a Uněbuzy, po kterých dnes zůstaly jen místní názvy (Holonohy, Nebuz).
V dobách tzv. první republiky, patřily Nenačovice do lounské župy. Dle sčítání z roku 1919 měla obec 294 obyvatel a 57 čísel popisných. Čtyři z nich a to 7, 8, 9 a 34 ovšem byla v té době vyhořelá. V roce 1920 byla čísla 7, 8, a 34 opravena, číslo 9 (obecní pastouška) se již neopravovalo. Okresním městem byla Unhošť, zatím co Kladno bylo sídlem politické správy. Pošta byla již tehdy v Loděnicích a tamtéž byla i farnost, ke které Nenačovice patřily.
Obec Nenačovice leží ve Středočeském kraji v bývalém okrese Beroun, v krásném údolí potoka „Kačák“ (oficiální název je říčka Loděnice).
V současné době mají Nenačovice 108 popisných čísel, ale jen 278 stálých obyvatel. Značná část domů není trvale obydlena, což je jednak pozůstatek let nedávno minulých, kdy mladší generace raději odcházela do měst a jednak je to dáno ryze současným trendem, kdy si občan postaví na venkově dům, nastěhuje se do něj s celou rodinou, ovšem papírově bydlí nadále v městském bytě. Vzhledem ke způsobu financování samospráv, má tento stav velmi nepříjemné dopady na rozpočet obce a na schopnost zajistit všechny potřeby občanů a další rozvoj. Nezbývá, než doufat, že se tento trend v budoucnu změní k lepšímu.